彩虹历4020年，异族入侵，魔物横行，彩虹岛世界陷入危难之中。


承载着人类希望的勇者美少女“爱丽丝”与她的伙伴，为了使彩虹岛世界恢复和平，他们踏上了征途，前往遥远的亚特兰蒂斯遗迹，击败正要破解封印而出的魔王。


与魔王大战之下，爱丽丝虽然在最终一刻爆发出了前所未有的巨大能量击败了魔王，但也受到了难以痊愈的重大伤害，同时她也察觉到了世界危难的源头并非魔王，而是异族的阴谋，但此时的爱丽丝已经没有力量去阻止，她用自己最后的力量将意志附着于陨石中，散落于世界各地。


这一夜，无数少年少女梦到了爱丽丝的警示，同时彩虹岛的各处也出现了无数的神秘石塔。少年少女都感受到爱丽丝的召唤，从各自的世界穿越到彩虹岛中，他们通过石塔中提供的线索，开始寻找爱丽丝，拯救彩虹世界。


  冒险者们在彩虹岛的第一站就是贝鲁斯城，这里的人们正在饱受蛇龙梅吉亚的迫害，而爱丽丝曾经一起冒险的伙伴左翼和莫恩也被困在蛇龙的巢穴。为了打听爱丽丝的下落，以及解救贝鲁斯城的居民，冒险者们勇敢地来到蛇龙巢穴挑战凶残的梅吉亚。最后冒险者们打败了蛇龙，顺利解救出左翼和莫恩。然而莫恩他们并不知道爱丽丝此刻的下落，只是告诉冒险者们可以尝试探索爱丽丝的足迹找寻她的线索。在莫恩的指引下，冒险者们来到第二站上京，去找寻爱丽丝冒险团曾经的一员肖维尔。


  上京是一个充满东方韵味的城市，冒险者们在这里遇到了美丽的少女肖维尔。她是爱丽丝冒险团曾经的一员，因为身负守护上京的重任，而没有继续跟随爱丽丝冒险。此时上京正面临魔兽玄武复苏的危机，冒险者们协助肖维尔一起镇压了玄武。但在问询爱丽丝的下落时，肖维尔却一问三不知，可玄武却爆出一个惊人的消息。曾经爱丽丝的伙伴卡兹诺竟然堕落成为魔王的使者。为了继续探索爱丽丝的下落，以及调查卡兹诺堕落的真相，冒险者们在肖维尔的指引下来到了第三站——奥亦奇，去寻找爱丽丝冒险团的一员——黑月公主。


   奥亦奇是一个随处能见到樱花的美丽城市，在这里冒险者们拜托塔莫里找到了黑月公主的寝居十六的月。而在迷宫般的寝殿中，冒险者们突破重重关卡，终于见到了黑月公主。却被黑月公主误以为是刺客，与她产生一番交战。最后误会解除，冒险者们向黑月公主打听起爱丽丝的事情。却听到她对爱丽丝大肆责骂，斥责她并没有打败魔王，并给世界带来灾难。爱丽丝打败魔王的事情变得疑云重重。而黑月公主无意提到人名凡基欧成为下一个线索。冒险者们带着疑问，去往了凡基欧所在的阿尔法。在后续的冒险中，有关爱丽丝更多的疑点将会解开……